Hola de nuevo.
He estado echando un vistazo por si veía algo en la función que estamos usando para el tema del SII pero no he visto nada relacionado con el alias.
Mirando por internet he encontrado
esta página que igual te puede dar algo de luz, está en portugués pero bueno, viene el código delphi hablando de "alias".
De una forma o de otra si no consigues tirar por esa vía te puedo pasar un link de un programa java, que es el que yo uso, que hace algo parecido y funciona bastante bien, lo único es que tienes que tener java instalado pero no creo que sea mayor problema. No te lo pongo ahora porque tendré que buscar el link, si te interesa me lo comentas.
Saludos
Edito: He soltado una tontería porque estoy pensando en que precisamente tu problema es que no querrás seleccionar el certificado cada vez y por eso preguntas por el alias. En el programa
en java que te comento solo pregunta fichero de entrada y salida y se abre la ventana para seleccionar el certificado con el que quieres firmar así que igual tampoco te vale.