No son muchos registros y no debería ocupar mucha memoria si la tienes en local; ¿No te valdría trabajar con ella en memoria?
Me explico. Guardas en disco la tabla con cualquier formato (un TXT, por decir algo) con los registros encriptados. Al abrir la aplicación la cargas en memoria (desencriptando); Trabajas con ella en memoria y cuando termines la vuelves a guardar a disco (encriptandola en el camino); El paso inicial y final sería alga así como Importar/Exportar a un TXT (pero encriptando datos entre medio). Opcionalmente cada x tiempo puedes ir guardando.
No tiene que ser al pié de la letra, la idea es tener en disco encriptado y posteriormente trabajar en memoria.
Otra opción es trabajar con sistema en que la Base de Datos está en el mismo programa, en ese caso no estaría en disco disponible para leer;
Absolute DataBase o similares. NO se si la versión Embedded de FireBird te podría ser útil.