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Yo no me preocuparía mucho por el tamaño ni mucho menos por qué tan rápido lo abra el gedit, ¿para qué quieres abrirlo con ese editor?
Yo usaría el que me sea más práctico. En lo personal uso el MySQL Administrator por su comodidad gráfica. Pero quien admistra el servidor usa mysqldump porque siendo de consola es fácil programarlo en el cron para respaldar en automático cada día.
// Saludos
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