[yusnerqui]

Prueba si esto te funciona,

<script>
function HazArrayM_txt()
{
var l;
datosM = []; // Vaciamos el array

	<?php        
		if (file_exists('XX/Prueba.txt'))
		{
			$fp = fopen('XX/Prueba.txt', 'r');
			echo "datosM = [";
			while (!feof($fp))
			{
				$linea = fgets($fp);
				$l = strlen($linea);
				if ($l > 17) {
				  $linea = substr($linea, 0, 16);        
				  echo "$linea ,";        
				}
			}
			fclose($fp);
		}// if    
		echo "]";
	?>        
}; // fin HazArrayM

</script>

Básicamente es tu función pero en ves de intentar escribir en la memoria del cliente trato de crear el arreglo literal como en el ejemplo que te puse antes.

saludos