Si la otra aplicación puede escribir a un pipe, podes usar este para recibir directamente la salida de dicha aplicación en la tuya, y evitar el paso intermedio por el archivo de texto.
Si la aplicación escribe el archivo de texto como una salida estándar, la solución sería la misma, pero redirigiendo vos la salida estándar a un pipe de tu aplicación, cosa que podes hacer con el API CreateProccess para invocar dicho proceso.
Hasta luego.
