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Personalmente creo que lo más sencillo para una base de datos inicial (estructura y algunos datos) es utilizar el sistema que comentas de Scripts.
Desde las propias herramientas de SQL Server puedes generar los Scripts (DDL) con la estructura de la Base de Datos.
Lo único que debes hacer en el instalador o al iniciar la primera vez tu programa es lanzar esos scripts para generar la Base de Datos.
Si quieres hacerlo desde el instalador, deberás mirar cómo se hace en cada uno de ellos (Inno Setup, InstallShield,...) si quieres hacerlo manualmente, puedes hacerlos con los mismos componentes que utilices para conectar (ADO, DBexpress,...)
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