[yusnerqui]

Bueno, y si tenemos en cuenta que el evento click del check está dentro de tu código podriamos simplemnte:

Código Delphi [-]
procedure TForm1.Button1Click(Sender: TObject);
begin
   // Quitamos el evento temporalmente
   CheckBox1.OnClick :=nil;
 
   // Esto ya no disparará el evento OnClick
   CheckBox1.Checked :=not CheckBox1.Checked;
 
   // Dejamos las cosas como estaban
   CheckBox1.OnClick := CheckBox1Click;
 end;

Saludos