[bucanero]

aplicandolo a tu código deberías de tener algo así:

Código Delphi [-]

function ValorCombinacion(list:TStrings):Int64;
var
  elemento:Byte;
  i: Integer;
begin
  result := 0;
  with list do
    for i := 0 to Count - 1 do begin
      //se obtiene el valor numerico de la lista
      elemento := StrToInt(strings[i])-1;
      //se inserta en el resultado
      result := result or (Int64(1) shl elemento);
    end;
end;

function obtenerComunes(res:int64):string;
var
  i:integer;
begin
  result:='';
  for i :=0 to 49 do
    if ((res and (int64(1) shl i))<>0) then 
      result:=result+IntToStr(i+1)+' ';
end;

...

var
  res, cad1, cad2:Int64;
  comunes:String;

...

for i := 0 to lista3.Items.Count -1 do
begin
    // Calculo CAD1 cada vez que cambia el indice de lista3
  with lista3 do
    begin
        Selected := Items[i];
        cad1:= ValorCombinacion(lista3.items[i].SubItems);
    end;

    // Recorro per
    for j := 0 to per.Items.Count -1 do
    begin
        ....

        // Calculo CAD2 cada vez que cambia el indice de per
        cad2 := ValorCombinacion(per.Items[j].SubItems);

        res:=cad1 and cad2;
        if (cad1 = cad2) then begin
            // las dos combinaciones son iguales
        end
        else if (res <> 0) then begin
           // coinciden algunos elementos y en particular los elementos que coinciden
           // son aquellos cuya posición de bit esta puesta a 1
           //para saber los elementos que son comunes recorres bit a bit la variable RES 
           obtenerComunes(res);
        end
        else begin
          // las dos combinaciones son totalmente distintas
        end;


    end;

Un saludo