Yo probaría a explorar la ventanas y a partir de ahí intentar averiguar cuales pertenecen al proceso que tú quieres.
Lo que no se es cómo vas a acceder a la "ventana principal" sin tener más información.
Para el tema de las ventanas
te recomiendo este hilo o también puedes realizar una búsqueda por la función
EnumWindowsProc.