Si te sirve acá tenés un script PHP para FTP
http://www.desarrolloweb.com/articulos/1752.php
Sino, tenés un cliente FTP en PHP.
http://inebria.com/phpftp/
Pero habría que fijarse si existe algo como el "select all", creo que ese es tu problema, no?
Otra es hacer un ftp upload de la carpeta que tiene los archivos.
Si el upload lo hace solamente una persona podrías hacer un programita en Delphi con un FTP.
Saludos