Fijate este link:
http://codewalkers.com/seecode/192.html
También encontré un applet de Java, el JUpload, pero hay que pagar.
Sirve para múltiples archivos, así como para carpetas
Cita:
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JUpload is a component which can be embedded into existing websites for easy upload of multiple files. It supports multiple uploads, recursive folder upload and provides a lot of features for image processing prior to the upload.
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http://jupload.biz/
demo:
http://www.jupload.biz/demo/0.90/index-demo.html
download
http://www.jupload.biz/content/view/12/26/
Pero buscando en SourceForge encontré dos applets:
http://jupload.sourceforge.net/ (jupload se llama, es muy parecido a la versión paga, hasta en el nombre, quizás esta es tu solución)
y el otro:
http://awtupload.sourceforge.net/
Saludos