Como dice mamcx, con linux tienes la gran facilidad de elegir un entorno gráfico muy facilmente, puedes tener instalado gnome, mate, lxde, kde, etc. (y eso sin tener en cuenta los distintos motores gráficos implementados entre ese entorno de usuario y el propio sistema) y usar cualquiera de ellos en cualquier momento, simplemente hay que cerrar sesión y abrir con otro entorno gráfico distinto, está muy bien para los usuarios finales. Incluso puedes tener abierta distintas sesiones con el mismo usuario (u otro) y cada sesión con un entorno gráfico diferente.
Pero el problema es para los programadores, ¿qué entorno gráfico utilizar? es dificil decidirse por uno porque al mismo tiempo te estás recortando con usuarios que utilicen otros, y el tener que implementar para distintos entornos gráficos al mismo tiempo es bastante "trabajoso".
Existen varios "intentos" por unificar todos, llegar a un acuerdo base o algo así, pero ¿quién le dice a los de gnome que se pongan de acuerdo con kde?, por poner un ejemplo, que se llevan a matar
Por eso, para mí, lo mejor es instalar siempre la versión "server" del sistema que no lleva entorno gráfico, (como un msdos) y luego instalar el entorno que prefiera en cada momento.