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Es muy difícil ayudarte si no tenemos la estructura de las tablas. Para empezar, como mínimo, deberías quitar ese asterisco del "select *" y sustituirlo por los campos que realmente necesites. También puedes usar programas que te analizan el tiempo que tarda en hacer cada cosa, no conozco ninguno en mysql, pero seguro que los hay.
También puedes ir probando "trozo a trozo" para intentar encontrar al culpable, por ejemplo, primero pruebas sin el group by, luego pruebas sin el having, luego pruebas sólo con el select anidado, etc. y así también puede que encuentres al culpable.
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