Hola,
Tiene lógica lo que dices. Efectivamente, poco importa que una página esté en el historial, que no es lo mismo que el caché, cuando se visite de nuevo, siempre se ejecutará el correspondiente script, que comprobará si el usuario está autenticado, etc.
Ahora bien, ¿cómo hacer desaparecer del historial las páginas visitadas? Yo diría que no es posible. Y, aunque le encuentro sentido, por otro lado, puede que en esto se quiera ser más papista que el papa. Ahora bien, si es algo "obligatorio", pues entonces el compañero
keyboy ha apuntado una posible solución.
Un tema interesante. Reconozco que nunca me informé de ello. No me suena que pueda hacerse algo así, el historial lo gestiona el cliente, y, cada cliente es un mundo, pero, no digo que no pueda hacerse, y sería interesante ver cómo y de qué manera.