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Muchas es mejor tener módulos distintos y que se puedan activar/desactivar según el cliente.
Porque llevar distintas versiones de un programa para distintos clientes es engorroso cuando tenemos un programa para todos, hay que estar controlando que no afecte lo de uno con el del otro, lo que te ha pasado.
De todas formas, dependiendo de lo que sea, también es muy válido un control de versiones y 'forks'.
Yo prefiero hacer el proprama configurable y hacer uso de unas tablas u otras mediante un módulo u otro.
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