También recuerda que con ODBC siempre será un poco más lento que usando controles nativos. Aunque con Clarion no te quede otra opción, con MySql tienes por lo menos
ZEOS (gratuitas) y
MyDac (no muy caras). En pocos registros quizá no haya mucha diferencia, pero pienso con quinientos mil, la situación cambia.
Ahora, aún cuando debes modificar los datos que provienen de Clarion, eso no quita que puedas generar un archivo de texto con los datos ya modificados y luego usar LOAD DATA INFILE en MySql. Esto último es aún más rápido que INSERT de múltiples registros.
Otra cosa, conviene quitar cualquier índice que tengas en las tablas destino al momento de exportar los datos, ya que el servidor requerirá menos trabajo al no tener que actualizarlos.
// Saludos