Jose desde mi punto de vista deberias utilizar las mismas units necesarias
para todas las aplicaciones, yo lo hago del siguiente modo tengo un directorio
por ejemplo DesarrollosDelphi 1 Subdirectorio UnidadesBasicas , 2 Subdirectorio
UnidadesComunes y 3 Subdirectorio el del projecto por ejemplo Prestamos,
bien entonces coloco lo común a todos mis desarrollos en UnidadesBasicas,
lo común para diferentes projectos que utilizan las mismas Units en
UnidadesComunes pues bien ahora, en el subdirectorio de Proyectos realizo lo siguiente añado al projecto las unidades desde las distintas carpetas y puedes generar un exe por cada módulo esto te permitiría vender los programas por separado o todo junto en un ejecutable solo incorporarás para aquel projecto las units necesarias, si quieres que te ayude puedo hacerlo
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Saludos.