Si empiezas desde cero sin duda tendras que usar ya PHP5, hace ya años que PHP5 existe como version estable. No es que PHP5 sea nuevo, es que PHP4 ya es viejo
. Otra razon muy importante para usar PHP5 es que, entre la version 5 y 4 han cambiado el lenguaje en cuanto a la gestion de objetos: si programas para php4, y dentro de 1 año o 2 tienes que migrar a php5 (porque php4 va a dejar de ser desarrollado en poco tiempo), tendrias que rehacer muchas cosas de los programas.
En cuanto a la forma de instalarlo, mi opinion es que siempre es mejor utilizar una opcion empaquetada, ahorra muchisimo tiempo, y los que las compilan/configuran/empaquetan seguro que tienen mucha mas experiencia en eso, que tu o yo
.
Eso si, es importante buscar y utilizar una version empaquetada que esté bien mantenida, y que saque con cierta rapidez actualizaciones de seguridad o de nuevas versiones.
Saludos