Algo tuvo que haber cambiado. No conozco MySQL, pero ¿de casualidad aumentó el número de clientes simultáneamente conectados?
Si dices que un "reconnect" funciona, considera derivar una clase que haga éste de forma automática cada vez que se requiera, y así salir del paso permitiendo que la aplicación siga funcionando, en lo que encuentras la causa del problema.
¿Podrías poner una copia exacta del error? Ya sabes, le das Ctrl+C cuando aparezca.
Saludos.
