La forma más facil de hacerlo con el installshield es utilizando la opción de crear el archivo con el wizard, donde sale company name le das el nombre de la carpeta que se creara para guardar tus archivos (ejecutables y otros que sean necesarios), luego en la carpeta de destino por defecto le indicas donde se va instalar tu aplicación por defecto (generalmente es en archivos de programas) y despues sigues las instrucciones del wizard, cuando llegues a la parte de aplication features alli es donde vas a agregar tu ejecutable y demas archivos y
ah, se me olvidaba debes indicarles que dialogos va a incluir el wizard, por ejemplo el de la licencia, etc.
espero te sirva, si no lo tienes muy claro avisame para mandartelo más explicadito a tu correo.