cambiar configuracion en un ejecutable

[lucky99]

Hola, soy nuevo en esto y tengo un problema con un ejecutable; os explico el problema; al ejecutar el archivo me crea un archivo de configuracion, con el puerto com, etc..., pruebo cambiarle el puerto com en el archivo creado, pero reulta que al volver a ejecutar el ejecutable me vuelve a generar el archivo de configuracion y mi pregunta es ¿ como puedo cambiarle el puerto com al ejecutable para cuando me cree el archivo de configuracion ya vaya cambiado ?. Gracias.........