Cual seria el mejor lugar para guardar la contraseña de acceso a mi Aplicacion

[JXJ]

si la contraseña va a ser modificable.

y usas un sistema de base de datos. o archivo xml, ini. dat o el registro de windows
para guardar datos como las opciones de tu programa.

ese es el mejor lugar. por que ya lo estas usando y sabes manejarlo
ademas de que la contraseña la vas a encriptar...

como apoyo a la seguridad pon que si el archivo ini, registro, .dat base de datos.
no existe. o no esta el campo ,,, muestres al usuario una notificacion. advertencia
y des la forma de contactarte, o de tratar de reparar el daño...usando la misma aplicacion