Duda editar Factura en Sistema Maestro Detalle

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Buenas, tengo un proyecto de mi tesis donde tengo un sistema que guarda la factura y el detalle, trabajo con tablas temporales en sqlite y con bases de datos mysql
todo funciona perfecto pero se me presento una situación para editar la factura, paso los datos a la tabla temporal con un query pero en caso de haber cambio si llego a eliminar algun registro como los regreso a la tabla mysql y que mysql entienda que se elimnino un registro ya que hago copia no los muevo.