Llamar mi propio explorardor

[Bacterion]

Supongo que (al menos en W2000), con botón derecho, abrir con, elegir Programa, y chequear "Utilizar siempre este programa para bla bla bla...
...debería bastarte.

En teoría con eso basta (la clave no se cual es, pero puedes probar para ver si funciona).
Lo que no se seguro es si tu aplicación debe aceptar por parámetro de linea de comandos el fichero a abrir (que pa mi que va a ser que si).