Como optimizar la conversion de hexadecimales a enteros decimales

[REVINFOR]

Buenas noches, en estos momentos estoy trabajando en un sistema de control de asistencia con un lector de huella...
Este lector al momento de capturar la huella (para tener el template de comparacion) genera un array de tipo byte, el cual lo convierto todos a hexadecimal y lo guardo como una cadena en la base de datos, por ejemplo:

Array = [1,2,3,...,20,30,40,...255]
Hex = 01,02,03,...14,1E,28....FF]
cadena a guardar = 010203...141E28....FF

Luego, para controlar la asistencia del usuario, tengo que convertir esta cadena en el array de bytes que tenia al principio...
para ello, lo que hago es contar las posiciones de la cadena de 2 en 2, anteponiendo el caracter $ y usando la funcion strtoint.

strtoint($01)
strtoint($02)
strtoint($03)
...

Este proceso se tiene que realizar por cada huella, hasta encontrar una coincidencia, y de no existir ninguna indicar un error ....

Los primeros dias, estaba con una velocidad de <1 seg, (tenia registrados 200 huellas) pero a la fecha tengo 1420, y noto que la velocidad esta disminuyendo...

Mi pregunta es: es posible optimizar el proceso de conversion de una cadena de numeros hexadecimales a enteros, o quizas el proceso que utilizo esta mal... me refiero talvez puedo guardar los datos directamente en formato numerico o algo asi....

Gracias de antemano.