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[Zeta]

Empezado por roman

...Lo de quitar los archivos no me molestaría, pero el problema es que al parecer el synaptic ya se descuadró y tiene marcado que hay algo que no funcionó y no veo forma de repararlo...

Para arreglar los archivos de Synaptic puedes probar algunas de estas variantes:

Probá primero con:
sudo apt-get dist-upgrade (aunque es para actualizar la distribución, a mi me arregló un problema muy parecido al tuyo)

sino funciona:
sudo apt-get update --fix-missing
sudo apt-get upgrade --fix-missing

sino como te dijeron arriba:
sudo apt-get clean
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

Saludos