Algoritmo a usar en App entrada/salida empleados

[El_Raso]

Saludos a Todos y Todas

Tengo que iniciar una aplicación de entrada y salida de empleados en una empresa, para llevar el control de las ausencias y tardanzas.

Me exigen que sea con un lector de huellas (Aun no me he decidido por cual usar, una ayuda no estaría mal), mi problema esta en como
voy a diferencial cuando el empleado al ponchar en el lector esta entrando o saliendo, esto se debe a que hay varios horarios en la empresa
incluyendo algunos que pasan de un día al otro (Ej. 11pm a 7am).

Estoy seguro que muchos de ustedes ya han desarrollado aplicaciones como esta, solo le pido una orientación de como debo manejar esa parte.
Si alguno sabe de algún demo en la red se lo agradecería.

PD: en cuanto el lector, cual me conviene? el que guarda los registros de los empleados para una lectura posterior de la aplicación ó el que va conectado directamente al
PC para leerlo desde mi propia aplicación?

Bendiciones.