Compatibilidad entre versiones de tu aplicación, ¿cómo conseguirlo?

[LoPiTaL]

Hola a todos!
Os envío esta cuestión que me ha surgido.
Os comento: tengo la típica aplicación que permite guardar / cargar desde fichero datos (en mi caso binarios) y a partir de ellos inicializa variables, etc... Además, también se comunica con otros PCs con la misma aplicación a través de Ethernet. Hace unos días, implementé una mejora con la que, entre otras cosas, reducía el tamaño de los ficheros y de las transmisiones Ethernet, a costa claro está, de modificar las estructuras almacenadas en dichos ficheros.

Pues bien, ahora necesito implementar compatibilidad entre las dos versiones. NO necesito que la vieja se pueda comunicar con la nueva y viceversa, en este caso simplemente muestro un mensaje "Actualízate!"; sino que tan sólo la aplicación con la versión nueva sea capaz de abrir ficheros de la vieja y convertirlos al nuevo formato.
¿Cómo realizáis esta operación?
¿Almacenáis en la(s) nueva(s) version(es) todas las estructuras de datos de las versiones antiguas, además de funciones dedicadas para cada versión antigua, para poder realizar las conversiones?
¿Cuál sería la mejor aproximación?

Un saludo,
LoPiTaL