¿Como realizar aplicaciones multiplataforma?

[burasu]

Hola amigos, me voy a iniciar en Linux, por que siempre me ha fascinado este SO y principalmente por que dispongo de 2 ordenadores y así puedo probar con Linux sin tener que deshacerme (de momento) de Windows y todo lo que conlleva.

Principalmente deseo realizar aplicaciones en Linux, debido a que he leido que al no usar ni depender de las APIs de Windows, se consigue un código más limpio y menos propenso a fallos por los cambios que realice M$ a su sistema operativo.

Entonces mi duda para empezar es la siguiente, si realizo una aplicación en Linux por ejemplo en C# o en Kylix (de momento no se por cual de los dos lenguajes decantarme) como compilo el código para crear los dos ejecutables que de momento me interesan, uno para Linux y otro para Windows???