Sesion de debug no me responde adecuadamente

[oracle]

Hola inestimables amigos, colegas todos:


Les ha ocurrido en alguna ocacion que su app no haga lo que debe hacer cuando la estan ejecutando, y cuando la ejecutan en modo debug si lo hace??? Pues a mi me esta ocurriendo y ya estoy a punto de darme por vencido, en estos momentos dificiles solo se me ocurre la sabiduria de uds...

El segmento del programa donde me esta ocurriendo es este:

MarcoMolecula = new Marco(viewer2,"temp");
                           MarcoMolecula.getMarco().openFile("temp.mol");
                           
                           Opcion2.setSelectionHalos(true);
                        MarcoMolecula.getMarco().evalStringQuiet("set selectionhalos " + true);
                           
                           //Opcion2.setSelection("none");  //por defecto ya la trae asi
                        MarcoMolecula.getMarco().evalString("select none");
                           
                        
                        ArrayList<Integer> L = null;
                        L = Search_R.get(Tabla.getSelectedRow()).getAtomoEncontrados();

                        
                        for (int i = 0; i < L.size(); i++) {
                            MarcoMolecula.getMarco().addSelection(L.get(i));
                        }   

La idea es mas o menos un buscador de fragmentos de moleculas dentro de una base de datos, yo busco, recupero los datos y muestro las moleculas encontradas. El asunto es que con el ultimo ciclo quiero resaltar los atomos que coinciden en la busqueda, para ello tengo el metodo addSelection que me permite agregar atomos seleccionados. Pues bien este ciclo hace lo que tiene que hacer cuando lo debugueo pero cuando ejecuto el programa normalmente no lo hace.

Estoy utilizando eclipse 3.2, estoy trabajando con hilos, aunque en este metodo no los utilizo. Cuando debugueo a pesar que hace lo correcto no me muestra valores ni nada de las variables del metodo, pero los resultados arrojados si son correctos....

Agradecere como siempre las certeras sugerencias.....


Un abrazo a todos


Oracle