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Gracias a todos por las respuestas
Gracias duilioisola por el aporte, pero el problema no está en la falta de relación entre tablas de la base de datos, si no que el registro se encuentra (encontraba) en la definición de las tablas del sistema.
A final de cuentas se hizo lo que comentó mamcx, con las opciones de "Extract Metadata" se obtiene la estructura de la base de datos y con la opción "Extract Data", se obtienen los datos. Ambas opciones incluidas en el IBExpert.
En este caso en particular, lo más complicado fue establecer el orden en que se exporta la información para mantener las relaciones "Maestro - detalle" de la estructura original, pero cuando conoces ese orden, no es complicado, si no tedioso.
Exportar la estructura no lleva más de 15 minutos. Exportar los datos manteniendo las relaciones necesarias, unas 8 horas más o menos para los 20 gb, entre ir eligiendo el orden y luego la espera de ir insertando información.
A final de cuentas, siguen trabajando con un archivo nuevo.
Saludos y gracias.
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