¿Estabas utilizando alguna extensión para gestionarlos? Yo tampoco he tenido nungun problema en ese sentido al actualizarme.

No uso nada más que el explorador, no me he metido con herramientas extras.
Voy a checar la herramienta que me menciona Hagen y haber qué otra me encuentro que me llame la atencion.
Los marcdores que tenia no eran tan importantes, de alguna manera los recuperaré, ni modo.
Gracias...

En el futuro en WIndows Utilizá MozBackup (es un programa externo, no es una extensión de Mozilla) como te dijo Hagen es espectacular!!! (es para Backup y Restore) No solo te guarda los marcadores, te guarda todas las configuraciones y extensiones, es decir que si formateas con un restore no necesitás bajar todas las extensiones, buscadores, temas ni configuraciones de menúes que tanto te costó poner a punto, restauras y listo. Te ahorras un trámite largo.

SI lo que querés es guardar los enlaces solamente, tenés que ir al menú "marcadores","administrar marcadores" y en la administración de marcardores ir a "Archivo" y "Exportar" con eso los guardás e "Importar" para el caso contrario (En internet Explorer es muy similar, pero es más fácil copiar la carpeta "Favoritos")

Saludos

Errores en Firefox 2
 

Sigo con problemitas con el navegador nuevo:

1. Perdi mis marcadores (no es tan importante, no me preocupa).
2. Cuando le doy click a la barra de direcciones no se selecciona la dirección para poder sobre escribir una nueva, tengo que darle 3 clicks para que quede seleccionada.
3. Se abren muchas pestañas nuevas que llevan por titulo "(Sin Título).
4. No puedo cerrar las pestañas que abro en una página.

Son detallitos, pero un poco molestos. No se si sea que quedó mal instalado o es porque es version beta (pero en el sitio no decia que era beta). Alguno tiene problemas parecidos?

Agrego
Ya estuve viendo la herramienta que me mencionaron, se ve muy bien, gracias.

Problemas solucionados
 

Habia quedado mal instalado, lo reinstalé y quedaron solucionados todos los problemas, hasta mis marcadores aparecieron nuevamente... :D

Ahora suena muy logico lo sucedido. :P

Felicitaciones por recuperar tus preciados marcadores, que a veces se vuelven herramientas inpagables, cada link que guardamos de una pagina en shangai, que tenia un truco de como hacer que cambie de color un panel cada 10 segundos :P

JAjaja, pero en serio, tenog cada link guardado, que si los pierdo, no croe volver a encontrarlos.

Saludos :D:D