¿Como compilar con paquetes pero eligiendo cuales incluir?
 

Tengo un sistema que utiliza n número de unidades de delphi y terceros, si pongo la opción de compilar con paquetes me pide que distribuya con gran cantidad de bpls. ¿Existe alguna forma de poder elegir que paquetes se van a incluir en el exe y cuales serán externos?

Puedes compilar tu programa sin runtime packages, todo en un único EXE y luego utilizar paquetes dinámicos a modo de Add-ins.
El problema es que esos packages que vas a cargar de forma dinámica deben ser independientes de la apliación, es decir, que no puedes hacer referencia a ellos (a su contenido) desde los USES de las units.

Deberás cargarlos en el momento que los necesites (de forma dinámica en runtime), utilizarlos y descargarlos si quieres, y todo ellos deberás hacerlo en runtime.

Pero si haces esto pierdes las ventajas de los BPL ¿no? Básicamente, el ejecutable principal y los módulos no comparten el mismo objeto Aplication.

// Saludos

Correcto; En ese caso pierdes las bondades de la RTTI, por ejemplo (aquí se pueden ver las diferentes opciones de carga y las consecuencias de cada una de ellas); Pero por poder, se puede hacer.