Facturar a cliente comunitario.
 

¿Cómo facturar con verifacu a un cliente portugues si al comprobar el cif en el censo de la AEAT no existe?

Un cliente portugués nunca va a estar en el censo de la AEAT, a no ser que tenga permiso de residencia. Si es una empresa, podrá estar en el VIES o no. Si está en el VIES, es exento de IVA. Si no, pues como todos, hay que aplicarle el IVA. Pero, ¿qué IVA? Pues si le estás vendiendo desde una tienda física en España, le tienes que cobrar el IVA vigente en España. Si le estás vendiendo a través de páginas web (tipo Amazon), entonces el IVA vigente en su país (esto para cualquier cliente intracomunitario).

Busca en el fichero de la AEAT (XLSX) que define la estructura del registro de alta por IDDestinatario.
Ahí verás que hay un campo IDOtro que incluye lo siguiente:

• CodigoPais: Código del país del destinatario (a veces también denominado contraparte, es decir, el cliente) de la operación de la factura expedida.
• IDType: Clave para establecer el tipo de identificación, en el país de residencia, del destinatario (a veces también denominado contraparte, es decir, el cliente) de la operación de la factura expedida.
• ID: Número de identificación, en el país de residencia, del destinatario (a veces también denominado contraparte, es decir, el cliente) de la operación de la factura expedida.

Creo que está pensado para los casos en los que un NIF/CIF no está censado (las múltiples variables que hay).