Para que no te vuelva a pasar, Crea una partición más.
Desde hace 7 años, tengo eso mismo. En C: tengo los programas, y en D: todos mis documentos, programas que no necesitan instalación y la demás chusma de internet

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Cuando formateo, simplemente lo hago para la C:, la D: nunca se toca. Aunque realizo copias de seguridad en DVD de la unidad D: (por aquello de los fallo de hardware), nunca necesito andar con CDs para instalar los programas que más uso, ya que los discos de instalación, los tengo tambien en D:.
Espero aprendas de esta gran tragedia; Partition Magic, o el mismo Windows tiene la utilidad diskpart (si te atreves con la linea de comandos

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Un saludo