Pues si acaso necesitas buscar unos datos en una tabla de una base de datos y esos datos los necesitas sacar de la otra tabla de la otra base de datos... puedes hacer primero la consulta en una y con ese dato obtenido hacer la consulta en la otra. Ahora bien, si es totalmente independiente la consulta en una y otra, harás dos consultas y listo.
De todas formas es que no explicas qué quieres hacer, estaría bien saberlo, ¿no te parece?
