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Bueno, mucho mucho no has leído.
Echando un vistazo a la documentación podrás encontrar que viene otra aplicación junto con la susodicha llamada pnnuplot.exe y que acepta ficheros con los datos que quieres representar.
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pgnuplot.exe: This program will accept commands on stdin
(standard input),...
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Una simple llamada a ésta aplicación con el parámetro de fichero (de los muchos de ejemplo que vienen en el directorio demo) genera una salida; Por ejemplo:
C:\Temp\pgnuplot.exe C:\Temp\demo\discrete.dem
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