En lo del tomcat estas bien, ese es tu servidor web, con JB no necesitas poner a correr el tomcat....el lo hace por ti mientras dure corriendo, las paginas q son JSP's o Servlet's las has de tner el directorio destinado a ellas (no recuerdo como se llama, en la doc del tomcat esta, tal vez era cathalyna...supongo), ahora bien localmente el puerto q empieza a usar es 8080, 8083, etc y los resultados los ves usando un webbrowser o explorados como IExplorer o Firefox, etc donde llamas
http://localhost:8080/servlet_q_has_hecho... al final te qeda una carpeta llamada WebModule q es la q llevaras al directorio dl tomcat para q atienda todas las peticiones q se llamen igual q tu servlet, .......aaaaaaaahh lo del error!!! deberias mostrar el error a ver q se puede hacer....otra cosa....con JB no deberia haber error y menos con un .bat