Solución :
La verdad es que ya había visto un hilo con una contestación parecida en el foro, pero por la causa que sea al probarlo no lo apliqué correctamente.
Para grabar el formato correcto en un fichero :
Código Delphi
[-]IdMessage1.Clear;
IdMessage1.NoDecode := True;
IdPOP31.Retrieve(1, IdMessage1);
IdMessage1.NoEncode := True;
IdMessage1.SaveToFile('C:\email.eml');
Saludos a todos