Sin ir más lejos, Windows Commander trae "de serie" la opción de comparar directorios y comparar ficheros; Su defecto es que no te permite hacer el "Merge" en el caso de los archivos, sí en el caso de los ficheros.
En cuanto a herramientas sueltas para comparación y merge de archivos, tienes muchas;
Compare&Merge,
CompareIt,
Araxis Merge,
Diff&Merge,
FileMergeExpress,
VisualMerge,
WinMerge,...
Personalmente de los que he probado (casi todos estos y algunos más...) los que más utilizo son Compare&Merge y CompareIt.