Ok, mira lo que debiste hacer al actualir es generar el DDL de tu base de datos para luego de instalar la nueva versión de Mysql ejecutar como script el DDL. Con ello te habrias quitado cualquier problema en la definición de tus tablas.
Yo en lo personal te recomiendo el uso de las Zeos a la hora de programar con mysql.
y ya de manera más personal te recomiendo que uses Sql Express de microsoft u OracleXp,
superan con creces a Mysql y son libres de uso y distribución.
Suerte