Así a
bote pronto creo que tú mismo te has contestado:
Código SQL
[-]
select stock.saldo - retiro.cantidad
from stock,retiro
where
stock.deposito = retiro.deposito and
stock.codigo = retiro.codigo and
stock.marca = retiro.marca
Lo que me parece extraño es que da la imprensión de que tienes una relación 1-1 entre stock y retiro, de manera que no sé por qué no están en una misma tabla.
// Saludos