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Creo que estás invirtiendo algo, dices que si tienes 1.000 usuarios con 20 opciones por usuario serán 20.000 registros, cosa que no me cuadra, entiendo que tendrás 1.000 registros en una tabla de 20 campos, por otra parte no veo problema en el tamaño incluso hablando de muchos miles de registros, si quieres ahorrar espacio en tus tablas no olvides hacer uso de VARCHAR en lugar de CHAR para tus campos string.
En cuanto al tema de guardar las opciones del usuario, ya sabes, se trata de hacer una combinación entre cookies, session y los datos guardados en tu base de datos, creo que no tienes dudas sobre esto, si las tienes dilo y le pegamos un repaso a ver que sacamos en limpio.
PD: Por supuesto la sesión en una clase, me gusta más así, pero para gustos....
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Saludos
Emilio
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