Por cierto, ¿tienes habilitada escritura asíncrona?, prueba a cambiarla a síncrona, para que no lo almacene en la "cache´" y escriba directamente los datos a disco, así, en teoría debería de ir aumentando de tamaño la base de datos poco a poco, en lugar de cuando se llena la "caché" que lo graba todo de golpe.
Código:
/opt/firebird/bin/gfix -write sync -user SYSDBA -password masterkey /home/datos/basedatos.fdb