Hola,
Echa un vistazo a los métodos "EraseSection" y "DeleteKey" de la clase "TIniFile". Para borrar valores... supongo que bastaría con "escribir" en la clave correspondiente una "cadena vacía", por ejemplo.
Respecto de lo segundo que comentas... comprendo la situación, pero, no sabría qué decirte ahora mismo... como se no sea que identificaras los comentarios. O sea, que comenzaran, por ejemplo, con el nombre de la sección y clave correspondiente.
"Ordenar" el archivo INI creo que no será posible, puesto que este se "trabaja" en memoria y cuando se guarda en el archivo lo hace en el orden que digamos tiene que hacerlo... con uno que no puede especificarse, al menos que yo sepa, claro.
Pero, si "nombras" los comentarios acaso consiguieras lo que precisas: una especie de manual de ayuda sobre el archivo INI de marras. E incluso podría decirse que el orden entonces no estaría mal del todo: todos los comentarios estarían ordenados, como una especie de "índice"... tendrías que hacer pruebas.
