Sin meterme muy en profundidad en el problema, sobre todo porque desconozco el código de la función que mencionas, se me ocurre que puedes volver a colocar el directorio de la aplicación como el directorio actual una vez termina esa función. Es decir:
Código Delphi
[-]
SendMail('Asunto', Cuerpo.Text , ExtractFilePath(Application.ExeName)+'Bases\Adjuntos\Adjunto.pdf',
'', [email protected],'' , [email protected]);
SetCurrentDir(ExtractFilePath(ParamStr(0)));
Puede parecer una tontería, pero es un comienzo
