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Amigo, Yo te recomendaría que si deseas hacer una aplicación de dos capas, lo mejor que puedes usar es MsSql + ADO, colocando las reglas del negocio en la parte del servidor de base de datos (USando para ello Sps, trigers, funciones, etc etc etc) y solo la funcionalidad en la parte de la apliacción.
Mysql no es una buena opción para desarrollos de escritorio N-Tier. (Lo siento fans de Mysql), puesto que una de sus mayores desventajas es precisamente la capa de coenxión en aplicaciones de escritorio. ya que por un lado si deseas usar ADO, mysql solo proporciona conectores Odbc con lo que la capa se hace más gruesa además de que la versión actual de ODBC ofrece un soporte muy pobre a los Sps de Mysql 5. Por otro lado zeos te permite mantener una capa de conexión delgada pero tiene muchas desventajas precisamente en el soporte a Sps y seguridad.
Para el web es grandioso, pero para aplicaciones Ntier no lo recomiendo. A menos que Mysql saque un proveedor OleDb.
suerte
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