La comparativa de bases de datos tiene muchos matices. Ninguna es perfecta y una u otra se adaptará mejor a ciertos requerimientos y ciertas condiciones de trabajo, por no hablar de la hablidad de quien esté a cargo de la programación de los sistemas y su mantenimiento.
Entro diciendo esto porque me parece que ni firebird será mejor que mysql ni mysql mejor que firebird en todos los aspectos.
Con respecto de la preparación de los queries, es probable que mysql sea mas rápido que firebird. Seguramente para devolver el resultado de los mismos también (depende del tipo de tablas que estes usando). La pregunta es: ¿La preparación de queries y su ejecución es el punto mas vital de tu aplicación?. Si la respuesta es si, probablemente debes quedarte con mysql.
Si no, debes evaluar otros aspectos.
En general, cualquier motor al que se establezca una conexión de manera remota tendrá un desempeño mas pobre que si se establece una conexión local, por eso, independientemente del motor, si vas a conectarte de manera remota, siempre debes pensar en usar multicapas..
Saludos.
