¿Que sistema operativo quieres arreglar? Si tienes el WindowsXP / 2000 puedes usar la consola de recuperación. Arrancando desde el cd de instalación escoge cuando te lo pregunte que quieres utilizar la Consola de recuperación, una vez allí utiliza los comandos Fixboot y fixmbr para restaurar el arranque de windows. Cuando digo arreglar, lo digo a la manera microsoft, borrarla el arranque de linux y grabara el suyo, que al parecer es lo que tu quieres.
La próxima vez puedes hacer una copia de seguridad utilizando el método que describo en la sección de trucos (
truco 356), nunca viene mal tener una copia en caso de desastre.