Hola,
Puede que el problema esté en la codificación conque se guardan los datos en las tablas. Yo aquí me pierdo un poco, pero, si la tabla es del tipo MyISAM y tienes un "cotejamiento" ("collate" en inglés) "utf8_spanish2_ci" no deberías tener problemas con acentos, eñes y demás.
Puedes tratar de "alterar" las tablas (haz una copia de seguridad antes por lo que pudiera pasar, ya te digo que yo en esto no soy muy ducho) o utilizar algún programa que te permita trastear con eso como pudiera ser
PhpMyAdmin.
Nota: ignoro si con otros cotejamientos lograrías también el objetivo; creo que así es, pero, me parece que el que te comento garantiza que no haya problemas con caracteres como los que mencionas y aun con otros de otros idiomas que pudieran causar problemas también.